في يناير 2023 ، نشر مختبر وزارة الصحة في بوركينا فاسو مقالة ' التقييم المقارن لنظام تنقية المرن التلقائي التلقائي 96 (Thermofisher Scientific) و Qiaamp RNA Mini Mini (Qiagen) أساليب SARS-COV-2 ' في المجلة الأفريقية للميكروبات السريرية والخبرة.

تستكشف هذه الدراسة إنشاء نظام اكتشاف COVID-19 جديدًا ، باستخدام مجموعة COVID-19 الخالية من COVID-19 من RAINTURE لمقارنة كفاءة منصتين لاستخراج الحمض النووي ، Qiagen و Kingfisher ، مع التركيز على الكشف الجزيئي السريع لعدوى COVID-19. وكطريقة سريرية مهمة للكشف عن العوامل الممرضة ، لضمان فحص وتشخيص سريع ودقيق للمرضى الذين يعانون من عدوى COVID-19. تُظهر نتائج هذه الدراسة أن طريقة الاستخراج التلقائية لنظام تنقية Flex Kingfisher 96 (Thermofisher) أقل حساسية وتحديد طريقة الاستخراج اليدوي لمجموعة Qiaamp RNA Mini Mini (Qiagen).

العنوان: التقييم المقارن لنظام تنقية Flex الآلي Kingfisher 96 (Thermofisher Scientific) و Qiaamp Viral RNA Mini Motic

المجلة: ' المجلة الأفريقية للميكروبيولوجيا السريرية والتجريبية '

الوحدة: وزارة الصحة في بوركينا فاسو

تم النشر: يناير 2023

منصة البحث: Rainsure New Coronary Extraction Free Kit

خلفية

تؤثر كفاءة استخراج الحمض النووي لعينات SARS-COV-2 بشكل مباشر على جودة اختبار تفاعل سلسلة البوليميريز العكسي (RT-PCR) ، مما يؤدي إلى أخطاء في تشخيص الالتهاب الرئوي التاجي الجديد. كان الهدف من هذه الدراسة المستعرضة هو تقييم الأداء التشخيصي لنظام تنقية Flex Flex Advility نظام الاستخراج الآلي 96 (Thermofisher) مقارنة مع طريقة الاستخراج اليدوي لمجموعة Qiaamp RNA Mini Mini (Qiagen).

طريقة

من أكتوبر إلى ديسمبر 2020 ، تم جمع العينات من الحالات المستوردة المشتبه بها في Burkina Faso أو اتصالات المرضى الذين يعانون من فيروسات كوروناف ، و 159 عينات مسحة جديدة للخلفي و 120 عينات مسحة البلعوم الأنفية المجمدة. تم استخدام مجموعة الكشف عن Fastplextm Triplex من Rainsure (RT-PCR ، خالية من RNA) للكشف عن المنتجات المستخرجة من الطريقتين ، وتم الانتهاء من تضخيم PCR في cycler الحرارية QuantStudio5 (النظم البيولوجية التطبيقية). تم الانتهاء من تحليل الأداء التشخيصي للكشف عن SARS-COV-2 RT-PCR بعد استخراج الحمض النووي الريبي بواسطة الطريقتين باستخدام برنامج OpenEPI عبر الإنترنت (الشكل 1).

الشكل 1: مخطط التدفق لخطوات التحليل لعينات جديدة (أ) وتجميد (ب)

FastPlextm Triplex 1-Step Covid 19 Kit (RT-PCR ، استخراج الحمض النووي الريبي مجانًا) يستخدم لتضخيم نظام تنقية Flex Kingfisher 96 (Thermofisher) و Qiaamp Viral RNA Mini Kit (Qiagen) على نفس PCR) صبغة) والمرجع الداخلي (صبغة الفلورسنت Cy5) (الجدول 1).

الجدول 1: جدول نتائج RT-PCR

نتائج

بالنسبة للعينات الجديدة ، وجدت الدراسة أن المعدل الإيجابي لـ RT-PCR بعد الاستخراج اليدوي كان أعلى قليلاً من الاستخراج التلقائي (12.6 ٪ مقابل 9.4 ٪). بالنسبة للعينات المجمدة ، كان المعدل الإيجابي للاستخراج اليدوي أعلى بكثير من طريقة الاستخراج الآلية ، (38.33 ٪ مقابل 20.83 ٪). أظهرت النتائج أن طريقة الاستخراج التلقائي كانت أقل فعالية من الاستخراج اليدوي للعينات الجديدة (الحساسية 35 ٪ ، خصوصية 94.2 ٪) والعينات المجمدة (الحساسية 43.5 ٪ ، خصوصية 93.2 ٪). ومع ذلك ، بعد اختبار McNemar مع تصحيح Yates ، بالنسبة للعينات الجديدة ، لم يكن هناك فرق كبير في المعدل الإيجابي لـ RT-PCR بين طريقتي الاستخراج (x2 = 0.76 ، p = 0.38) ، في حين كان هناك فرق كبير في العينات المجمدة (x2 = 12.9 ، p = 0.0003).

وجدت الدراسة أن المعدل الإيجابي لـ RT-PCR للاستخراج اليدوي للعينات الطازجة (12.6 ٪ ، 20/159) كان أعلى قليلاً من الاستخراج التلقائي (9.4 ٪ ، 15/159). كانت سبع عينات (4.4 ٪) إيجابية في كل من الاستخراج اليدوي والآلي ، في حين كانت 131 عينة (82.4 ٪) سلبية. بالمقارنة مع الاستخراج اليدوي ، كانت خصوصية الاستخراج التلقائي 94.2 ٪ ، وكانت الحساسية 35.0 ٪ ، وكانت PPV للعينات الجديدة 46.7 ٪ ، وكان NPV 90.9 ٪ ، ولكن باستخدام اختبار McNemar مع تصحيح Yates ، لم يكن هناك فرق بين طريقتتين للقربين. فرق كبير (x2 = 0.76 ، p = 0.38) (الجدول 2A).

الجدول 2 أ: تقييم مقارن لنتائج RT-PCR بعد الاستخراج التلقائي واليدوي للعينات الجديدة

بالنسبة للعينات المجمدة ، كان هناك اختلاف كبير في المعدل الإيجابي لـ RT-PCR ، من بينها كانت طريقة الاستخراج اليدوي (38.33 ٪ ، 46/120) ، وكانت طريقة الاستخراج التلقائي (20.83 ٪ ، 25/120) (x2 = 12.9 ، p = 0.0003). كانت عشرون عينة (16.7 ٪) إيجابية في كل من الاستخراج اليدوي والآلي ، في حين أن 69 عينة كانت سلبية (57.5 ٪). مقارنة مع الاستخراج اليدوي ، كان الاستخراج التلقائي خصوصية بنسبة 93.24 ٪ ، وحساسية 43.48 ٪ ، و PPV من 80.0 ٪ ، و NPV من 72.63 ٪ (الجدول 2B).

الجدول 2 ب: تقييم مقارن لنتائج RT-PCR بعد الاستخراج التلقائي واليدوي للعينات المجمدة

بالنسبة للعينات الطازجة ، فإن نظام تنقية Flex Flex Flex System التلقائي التلقائي 96 (Thermofisher) مقارنة مع طريقة الاستخراج اليدوية لـ Qiaamp Viral RNA Mini (Qiagen) ، كانت طيات التضخيم لجينات ORF1AB و N 2.36 و 0.81 مرة ، على التوالي ، والتي كانت ذات دلالة إحصائية. ومع ذلك ، لم يكن هناك فرق كبير بين الاثنين في متوسط قيمة CT للجين N (ع = 0.1319). بالإضافة إلى ذلك ، لم يكن هناك فرق كبير بين متوسط قيم CT للجينات المرجعية الداخلية (P = 0.4939) (الجدول 3).

الجدول 3: متوسط قيم CT من الجينات SARS-COV-2 RT-PCR بعد استخراج العينات الطازجة والمجمدة

بالمقارنة مع طريقة الاستخراج اليدوي لمجموعة Qiaamp Viral RNA Mini (Qiagen) ، فإن نظام تنقية Flex Flex Advance System التلقائي 96 (Thermofisher) ليس له فرق كبير في متوسط قيمة CT ORF1AB (P = 0.09885). وبالمثل ، لم يكن هناك فرق كبير بين قيم CT المتوسطة لجينات N بين الاثنين المستخرج تلقائيًا (ع = 0.0594). بالإضافة إلى ذلك ، لم يكن هناك فرق كبير بين متوسط قيم CT للجينات المرجعية الداخلية (P = 0.1045) (الجدول 3).

خاتمة

أظهرت نتائج هذه الدراسة أن نظام تنقية Flex Flex Sustraction System الآلي 96 (Thermofisher) كان أقل حساسية وتحديدًا من طريقة الاستخراج اليدوية لـ Qiaamp RNA Mini (Qiagen). يمكن استخدام هذه البيانات كمعلومات إرشادية للمختبرات لاختيار طرق استخراج الحمض النووي الريبي للكشف عن RT-PCR لـ SARS-COV-2.